A hígtrágya sokféle — esetenként az antibiotikumokkal szemben ellenálló — kórokozótartalma miatt az emberre veszélyes. Többféle ártalmas szerves anyag mellett nehézfémeket, különböző szervetlen nitrátokat, foszfátokat is tartalmaz, ezen kívül erős szagáról sem szabad megfeledkezni. Egy sertés napi 10 kilogramm hígtrágyát termel, ami egy ország teljes állatállományát figyelembe véve évente több 100 millió köbméter. Ekkora mennyiség feldolgozhatatlan, a termőföldek csak a töredékét tudják hasznosítani, fűtőanyag pedig csak kis részéből készíthető, ezért a nagy része végül a talajt vagy természetes vizeinket szennyezi. Tehát az állattartás is felelős a vízszennyezés okozta megbetegedésekért, elhalálozásokért. Világviszonylatban minden tíz megbetegedésből nyolcért a fertőzött, szennyezett vizet okolhatjuk.

Az állattenyésztés és húsfeldolgozás következményeként hatalmas mennyiségű állathulla (hazánkban évente 45 ezer tonna), illetve egyéb vágóhídi melléktermék (nálunk évente 230 ezer tonna) keletkezik, amelyeket — különös tekintettel az utóbbi időben elhatalmasodó BSE-kórra — ártalmatlanítani kell. Sajnos, Magyarországon a kistermelőket semmi sem ösztönzi a szabályos ártalmatlanítási műveletekre.

Az állattartás a légszennyezéshez is hozzájárul, egyrészt a kérődzésből adódó, másrészt a trágyából felszabaduló különböző mértékben egészségkárosító, illetve üvegház-hatású gázokkal.

Az állattenyésztés növekedésével megugrik a vízfogyasztás, ugyanis egy kilogramm hús előállítása több százszor annyi vizet igényel, mint ugyanolyan súlyú növényi táplálék előállítása. Egy amerikai csirkefarm vízfelhasználása megegyezik egy 110 ezres lakosú városéval. A megnövekedett vízfelhasználás következtében a szennyvíztermelés is jelentősen megemelkedik, emellett nő a vizek nitrát- és foszfáttartalma, melyek nyomán elalgásodnak, eutrofizálódnak a folyók, tavak, oxigénben szegények lesznek, elpusztulnak az ott élő növények, majd a velük táplálkozó állatok. A hústermelést minden környezeti problémával összefüggésbe hozhatjuk, hisz az erdőirtások első számú oka is az, hogy teret biztosíthassanak az állattenyésztésnek. Ennek következtében szintén nő az üvegházhatás, továbbá fajok ezrei pusztulnak ki.

Javítaná ezt a helyzetet, ha a tömeges állattenyésztésről áttérnének az extenzív, "bio" állattartásra, az állathullákat, vágóhídi melléktermékeket, illetve minden mezőgazdaságból kikerülő szennyezést pedig ártalmatlanítanak. A problémák végleges megoldása természetesen az lenne, ha az emberek kizárólag növényi eredetű ételekkel táplálkoznának.